WhatsApp sta dimostrando di tenere in grande considerazione la privacy dei propri utenti, non soltanto recependo le critiche emerse dopo l'introduzione della notifica di lettura (a breve
disabilitabile da menù), ma anche introducendo un affidabile algoritmo 'end-to-end' per la codifica dei messaggi, rendendoli di fatto non intercettabili.
L'ultimo aggiornamento di WhatsApp su Android adotta infatti un sistema di codifica che di fatto impedisce la decodifica dei messaggi se non al destinatario. Nemmeno WhatsApp potrà leggerne il contenuto, anche le dovesse essere chiesto da agenzie governative.
Per la nuova tecnologia WhatsApp si è rivolta ad Open Whisper Systems, azienda nota per alcune applicazioni 'sicure' quali Signal, Redphone e TextSecure. Di quest'ultima, in particolare, è stato pubblicato il codice sorgente e ha superato numerose verifiche da parte di aziende specializzate che ne hanno accertato la validità. Il nuovo sistema, che si pensa in arrivo a breve anche su WhatsApp su iOS, prevede che i due dispositivi si scambino un codice di codifica prima di iniziare le comunicazioni, senza il quale è impossibile rendere intelligibili i messaggi.