Sul nuovo iPad Pro da 9.7 pollici Apple ha previsto una memoria RAM di soli 2GB, la metà rispetto a quella presente sul più costoso modello da 12.9 pollici annunciato lo scorso anno. Anche il precedente iPad Air 2 disponeva di 2GB di RAM, su questo versante quindi il nuovo tablet non offre alcuna miglioria purtroppo.
Le differenze fra le versioni da 9.7 e quelle da 12.9 pollici dell' iPad Pro non si fermano alla RAM. Il processore su entrambi i tablet è il nuovo Apple A9X , tuttavia sull' iPad Pro 9.7 funziona ad una frequenza di 2.16GHz, contro i 2.24GHz di iPad Pro 12.9. Apple è già ricorsa all' 'unterclocking' su alcuni iPad Mini, probabilmente per far fronte ad una batteria meno performante. La differente velocità di clock del processore emerge anche nei benchmark comparativi effettuati sui due modelli.
L' iPad Pro 9.7 supporta inoltre una connessione USB 2.0 attraverso il connettore Lighining, l' iPad Pro 12.9 viaggia invece alla velocità dell' USB 3.0, rendendo più rapidi le operazioni di sincronizzazione e di trasferimento dati, soprattutto di file di grosse dimensioni.