A soli 10 giorni di distanza dal rilascio di iOS 9.3, Apple ha reso disponibile l'ancora più recente
iOS 9.3.1 per porre rimedio ad un fastidioso bug riscontrato dagli utenti. Come confermano le note di rilascio che accompagnano iOS 9.3.1, il nuovo software risolve i blocchi che si verificavano in alcuni casi chiccando sui link Internet nel browser Safari e in altre applicazioni.